W dniu 24.10.2014, w Krakowskim Szpitalu Specjalistycznym im. Jana Pawła II została oficjalnie otwarta podczyszczalnia ścieków, oparta na najnowocześniejszych, proekologicznych rozwiązaniach. To pierwsze tego typu rozwiązanie w regionie.

Zadanie współfinansowane jest przez Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Krakowie. W podczyszczalni  wykorzystywany jest  do dezynfekcji kwas nadoctowy. Zasadnicza zaletą tej technologii jest bardzo wysoka skuteczność jak i jej najmniejszy wtórny wpływ na środowisko i  zdrowie ludzi. Kwas nadoctowy ulega szybkiej biodegradacji w wyniku hydrolizy, rozpadu i redukcji, prowadząc do powstania produktów takich jak tlen, woda oraz bezpieczny (stosowany w przemyśle spożywczym) kwas octowy, co sprawia, że rozwiązanie to jest innowacyjne i  przyjazne również środowiska naturalnego. Koszt inwestycji wyniósł prawie 2,8 mln zł, z czego niemal 1,45 mln zł stanowiło dofinansowanie WFOŚ. Zastosowane rozwiązanie poparte jest pozytywnymi opiniami Uniwersytetu Jagiellońskiego, Politechniki Warszawskiej, Politechniki Śląskiej, Państwowego Wojewódzkiego Inspektora Sanitarnego i Miejskiego Przedsiębiorstwa Wodociągów i Kanalizacji w Krakowie.
Krakowski Szpital Specjalistyczny im. Jana Pawła II, od wielu lat dokłada starania nad prowadzeniem ciągłego rozwoju medycznego placówki, a co za tym idzie podnoszenie standardów posiadanej infrastruktury, nie zapominając przy tym o środowisku naturalnym. W ostatnich latach Szpital pozyskał środki z funduszy na ograniczenie wprowadzania szkodliwych substancji do środowiska naturalnego. Podjęto działania mające na celu ograniczenia ilości wytwarzanych odpadów z prowadzonej działalności, przystosowania pomieszczenia do gromadzenia odpadów medycznych do wysokiego standardu europejskiego. W strategii Szpitala opracowano długoterminowy plany redukcji gazów cieplarnianych poprzez sukcesywną wymianę czynnika chłodniczego w urządzeniach klimatyzacyjnych. W planach jest również modernizacja kotłowni, która dostarcza parę do procesu sterylizacji. Nawiązano również współpracę z Uniwersytetem Rolniczym w zakresie edukacyjno-szkoleniowym, w celu  rewitalizacji otaczającej zieleni. Są to zadania z którymi Szpital w przyszłości będzie musiał się zmierzyć.
Inne (poza podczyszczalnią) większe inwestycje proekologicznych jakie w ostatnich latach Szpital przeprowadził przyczyniając się do ograniczenia wprowadzanych zanieczyszczeń do środowiska naturalnego, to:
1.     Termomodernizacja trzech pawilonów M - I, M - II i M – III w latach 2008/2009. Inwestycja nie tylko zabezpieczyła budynek przed dalszą degradacją czynników atmosferycznych, ale poprawiła estetykę, energochłonności budynków - zmniejszenie mocy zamówionej MW i zużycie ciepła GJ jakie Szpital dokonywał zakupu w MPEC. Pozyskane środki na inwestycję w części pochodziły z Wojewódzkiego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Krakowie.
2.    Wprowadzenie systemu selektywnej segregacji odpadów - proces rozpoczęto w roku 2006 i trwa nadal. System w Szpitalu wprowadzany był etapami i poprzedzany licznymi szkoleniami grup pracowników. Obecnie wysoki poziom segregacji odpadów pomógł Szpitalowi przyjąć wprowadzenie zmian w Ustawie o utrzymaniu czystości i porządku w gminach, które weszły w życie od 01.07.2013 r. Szpital był już na takie rozwiązanie przygotowany. Pozwoliło to zaoszczędzić środki finansowe, jakie Szpital mógł przeznaczyć na kolejne zadania dotyczące działań proekologicznych.

3.    Realizacja projektu pn. „Poprawa efektywności energetycznej poprzez wprowadzenie systemów energii odnawialnej oraz modernizacja instalacji grzewczych w wybranych publicznych, wojewódzkich zakładach opieki zdrowotnej”. Inwestycja finansowana jest w ramach Szwajcarsko-Polskiego Programu Współpracy. Efektem ekologicznym jest ograniczenie wprowadzania zanieczyszczenia (CO2, SO2, NO2, CO). Zadanie to wykorzystuje odnawialnych źródeł energii – ciepło z gruntu (sondy gruntowe), ciepło z powietrza (powietrzny wymiennik ciepła) i ciepło odpadowe z instalacji wody lodowej dla klimatyzacji. W połączeniu z gazowymi pompami ciepła układ ten zapewnia całkowite pokrycie potrzeb na ciepłą wodę użytkową dla Szpitala. Dodatkowymi działaniami wypływającymi na zmniejszenie zużycia energii cieplnej, realizowanymi w ramach ww. projektu jest wymiana sieci zewnętrznych instalacji ciepłej wody użytkowej i centralnego ogrzewania wraz  z wymianą grzejników w 4 budynkach (878 szt.). Wymiana instalacji, izolacji, grzejników i zmniejszenie średnic, znaczącą wpływają na zmniejszenie zużycia energii cieplnej w Szpitalu.